Pohjanmaan liiton käytännön toimintaa johtaa maakuntahallitus, jossa on 13 jäsentä. Hallituksen valitsee maakuntavaltuusto kahdeksi vuodeksi kerrallaan.
Hallitus johtaa liiton toimiston työskentelyä, valmistelee maakuntavaltuustossa käsiteltävät asiat ja panee valtuuston päätökset täytäntöön sekä valvoo maakunnan etua.
Kunnallisvaalien tulos määrää poliittisen jakauman
Maakuntahallituksen kokoonpano vastaa poliittisten ryhmien kunnallisvaaleissa saamia ääniosuuksia. Puolueittain hallituksen paikat jakaantuvat seuraavasti: